یکی از مشهورترین این شبهات طرح این مسئله است که چطور امیرالمومنین(علیه السلام) با آن همه جنگاوری اجازه هجوم به منزلشان را دادند در حالی که این مسئله از شان آن حضرت (علیه السلام) به دور است، همچنین گفته می شود اینکه امیرالمومنین (علیه السلام) را دست بسته به مسجد بردند، جعل تاریخ است!!!
در پاسخ به این شبهه اشاره می شود به یکی از قدیمی ترین منابع یعنی سقیفه ابوبکر جوهری که اصلش مفقود است اما طبری بیش از 40 مورد از گزارش ها آن را نقل کرده است. وی اشاره می کند در مرحله اول و دوم وارد منزل امیرالومنین (علیه السلام) شدند تا برای بیعت ایشان را به مسجد ببرند و ایشان فرمودند شما مخالفت صریح با نص رسول الله (صلی الله علیه وآله) کرده اید اگر بیعت نمی کنید ایرادی ندارد اما نباید از من بخواهید خلاف نص رسول الله (صلی الله علیه وآله) عمل کنم.
وقتی خبر رسید اصرار کردند بر بیعت ایشان تا کار بیعت تمام شود، چراکه بسیای از مهاجر و انصار چشم به عمل بزرگان صحابه داشتند تا بر اساس فکر و عمل آنها عمل کنند، به ویژه آنکه افرادی مثل ابوسفیان ادعا می کردند که ما در پی قائله ای هستیم تا شورایی شکل گرفته و تعیین خلیفه با حضور سران مهاجر و انصار صورت بگیرد.
وقتی در خانه امیرالمومنین (علیه السلام) آمدند برای گرفتن بیعت به گزارش سقیفه ابوبکر جواهری به زور وارد شدند و امیرالمومنین(علیه السلام) را در حالی که نشسته بود نتوانستند ببرند و پیراهن ایشان را به صورت حبل بالای گردن حضرت (علیه السلام) جمع کردند و ایشان را بردند و نمی گوید طناب آوردند.
این گزارش از منبع شیعی نیست که بگویید جعلی است بلکه از متقدم ترین مورخین اهل سنت است و مهمتر اینکه به امضای طبری رسیده و تایید می کند.
اما در پاسخ به چرایی دست نبردن به شمشیر توسط امیرالمومنین (علیه السلام) خود حضرت (علیه السلام) هفت دلیل آورده اند، در تمام نگارش های تاریخی این دلایل ذکر شده اند ایشان می فرمایند: اگر وارد معرکه می شدم باعث می شد ارتدادهای اطراف و اکناف مدینه شدت یافته و امور مسلمین و اسلام برچیده می شد و تمام مورخین این را قبول دارند، حتی خلیفه اول با ارتدادیون جنگ هایی داشت چون آنها با دولت مرکز مشکل داشتند و زکات نمی دادند، از این رو امیرالمومنین (علیه السلام) فرمودند اگر من نیز در مدینه شورشی را ایجاد می کردم قطعا بساط اسلام و زمام امور از دست می رفت.
حضرت زهرا (سلام الله علیها) در این جریان چگونه به دفاع از امیرالمومنین (علیه السلام) پرداختند؟
ابن ابی در کنار قبور شهدای احد دید حضرت فاطمه (سلام الله علیها) گریه می کنند چرایی آن را جویا شد، حضرت (سلام الله علیها) پاسخ دادند دو دلیل دارد یکی وفات پدرم رسول الله (صلی الله علیه وآله) و دیگر وضعیتی که مسلمین پیش آورده اند بعد ابن ابی سوال کرد دلیلی دارید که بعد از پیامبر (صلی الله علیه وآله) باید امیرالمومنین (علیه السلام) جانشین ایشان و خلیفه مسلمین می شدند؟ حضرت زهرا (سلام الله علیها) فرمودند: به این زودی غدیر خم از یادتان رفت که قال رسول الله (صلی الله علیه وآله): "من کنت مولاه فهذا علی مولاه"
وی پرسید علت خانه نشینی و منزوی شدن امیرالمومنین (علیه السلام) چیست؟ چرا قیام نکردند؟ که در پاسخ حضرت زهرا (سلام الله علیها) فرمودند مثل امام مانند کعبه است، یعنی همانگونه که مردم باید سراغ کعبه بروند و در گردش طواف کنند، شما نیز باید سراغ امام بروید و گردش جمع شوید و او را به عنوان هادی بپذیرید نه اینکه او شمشیر از نیام کشیده و شورش کند، وقتی شما تمکین نکنید او به زور عمل نمی کند و این وظیفه شما است نه حقی بر گردن علی ابن ابیطالب (علیه السلام).